Zbiory krakowskiego Muzeum Farmacji są eksponowane we wszystkich pomieszczeniach zabytkowej, czternastowiecznej kamienicy przy ul. Floriańskiej 25, od gotyckich piwnic począwszy, poprzez pokoje na parterze, pierwszym i drugim piętrze, na strychu kończąc. Są wśród nich meble apteczne w różnych stylach (barok, empire, biedermeier), naczynia apteczne z różnych epok,  w tym  okazały  zbiór  majolik z różnych europejskich manufaktur,  dawne  surowce  lecznicze  pochodzenia  roślinnego, mineralnego i zwierzęcego (w tym ludzkiego, np. tłuszcz ludzki), godła własne aptek, witraże o tematyce aptekar-skiej, dawne aptekarskie utensylia (moździerze, prasy, filtry, kapsuły do pozłacania pigułek, drażet-karki, krajalnice do rozdrabniania ziół itd.), starodruki (np. grecko/łacińskie wydanie dzieł wszystkich Hipokratesa, średniowieczne i wczesnonowożytne podręczniki aptekarskie, oficjalne i nieoficjalne lekospisy, zielniki, rękopiśmienne aptekarskie manuały), ekspozycja zatytułowana „Co zostało z daw-nych krakowskich aptek”, wreszcie współczesne obrazy inspirowane muzealnymi zbiorami.